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DNA编码化合物库技术的最新突破与产业化进展

2026年3月,美国临床肿瘤学会(ASCO)期刊Journal of Clinical Oncology发表了一项令人振奋的II期临床数据:由成都先导DEL技术平台发现的STING激动剂HG-381,在晚期实体瘤患者中实现了38%的客观缓解率。这一里程碑标志着DNA编码化合物库(DEL)技术从实验室概念验证正式迈入临床价值验证阶段。从1992年Sydney Brenner和Richard Lerner提出DEL概念至今,这项技术走过了34年的演进之路,如今已成为全球药物发现不可或缺的核心引擎。

一、DEL技术原理:化学与生物学的精妙联姻

DEL技术的核心思想简洁而优雅:通过「分裂-合并」(split-and-pool)合成策略,在化合物库的每个分子上连接一段独特的DNA条形码。具体而言,合成过程分为若干轮,每轮先将化合物池分成若干等份,分别与不同的构建模块(building block)反应,然后加入对应的DNA标签,最后将所有份合并。经过n轮操作,即可获得包含(构建模块数)^n个化合物的巨型文库,每个化合物都携带着记录其合成历史的DNA序列。

筛选时,将整个DEL库与固定化的靶标蛋白孵育,洗去未结合的分子,然后通过PCR扩增和DNA测序读取富集的条形码,即可反推出与靶标结合的化合物结构。这一过程将传统HTS需要数月、数百万美元成本的筛选压缩到了数天、数千美元的量级。

二、2025-2026年关键技术突破

1. 库容量突破万亿大关

2025年底,瑞士Novartis宣布建成全球首个万亿级(10^12)DEL库,采用四轮合成策略,每轮使用100个构建模块。同年,成都先导也发布了其「DEL-Mega」平台,库容量达到8000亿,覆盖了全新的化学空间区域。更大的库容量意味着更高的化学多样性覆盖度——据估算,万亿级DEL库可以覆盖约10^8量级的「类药物化学空间」中的相当比例。

2. DNA兼容化学反应的爆发式增长

DEL合成的最大瓶颈在于化学反应必须在水相、温和条件下进行,且不能破坏DNA结构。2025-2026年间,这一领域迎来了突破性进展:

  • 普林斯顿大学David MacMillan团队开发了基于光氧化还原催化的DNA兼容C(sp³)-H官能团化反应,将可用的构建模块类型扩展了3倍(Science, 2025)
  • 上海有机所马大为课题组报道了DNA兼容的铜催化乌尔曼偶联反应,首次实现了DNA上芳基醚键的高效构建(JACS, 2026)
  • 药明康德DEL团队开发了「DEL-on-DNA」酶催化平台,利用工程化卤化酶和甲基转移酶在DNA标签上直接进行后期官能团修饰(Nat. Chem., 2025)

3. AI驱动的DEL数据分析

传统DEL筛选数据分析面临「富集信号vs噪音」的挑战——由于库容量巨大,即使非特异性结合也会产生大量背景信号。2026年初,MIT的Connor Coley团队在Nature Computational Science上发表了一种基于图神经网络的DEL去噪算法DEL-Denoise,能够将信噪比提升5-10倍,显著降低假阳性率。该算法已被多家制药公司采用。

三、全球产业化格局

截至2026年6月,全球已有超过20个DEL来源的候选药物进入临床试验阶段,其中5个进入临床II/III期:

药物 靶标 来源 阶段
HG-381 STING 成都先导 II期
GSK-391 RIPK1 GSK III期
NVP-229 SOS1 Novartis II期
AB-836 HBV核心蛋白 Arbutus/成都先导 II期
AZD-542 PCSK9 AstraZeneca I期

在全球DEL产业版图中,中国力量不容忽视。成都先导(HitGen)作为全球最大的DEL技术平台公司之一,拥有超过1.2万亿化合物的DEL库,已与全球300余家药企和生物技术公司建立合作。药明康德的WuXi DEL平台同样跻身全球前三,其独特的「DEL+AI+自动化」三位一体模式在2025年完成了超过200个靶标的筛选项目。

四、挑战与前沿方向

尽管成就斐然,DEL技术仍面临若干核心挑战:

  • 化学空间覆盖:即使万亿级库也只覆盖了类药物化学空间(估计10^20-10^60)的极小部分,如何设计「聪明」的库而非「大」的库是关键
  • 膜蛋白靶标:DEL筛选依赖纯化的可溶性蛋白,对GPCR、离子通道等膜蛋白的筛选仍困难重重
  • 细胞内筛选:2025年Scripps研究所报道了首个活细胞DEL筛选概念验证,但距离实用化仍有距离
  • DNA标签干扰:DNA标签可能影响化合物与靶标的真实结合模式,产生假阳性或假阴性

展望未来,DEL技术正朝着「DEL 2.0」时代演进:与AI/ML深度融合实现智能库设计、与自动化合成平台整合实现「设计即合成」、与活细胞筛选和表型筛选结合拓展应用边界。正如成都先导创始人李进博士在2026年J.P. Morgan医疗健康大会上所言:「DEL已经证明了它在可溶性蛋白靶标上的威力,下一个十年,我们将攻克膜蛋白和细胞内靶标,让DEL成为真正普适的药物发现引擎。」

(数据截至2026年6月)